合伙企業適用核定征收已完稅，稅局能否依據新規追溯調整？

2021年3月，A有限合伙企業以“成本費用憑證無法取得，不能準確核算成本費用”為由向主管稅務機關申請核定經營所得個人所得稅。2021年3月24日，自然人甲、乙與A有限合伙企業簽訂《股權轉讓協議》，甲、乙將其持有的B有限責任公司15%的股份轉讓給A有限合伙企業，轉讓金合計347萬元。2021年3月30日，A有限合伙企業與C公司簽訂《股權轉讓協議》，將其持有的B公司15%的股權全部轉讓給C公司，轉讓價款4538.76萬元，并于當日完成股權變更登記。2021年4月，A有限合伙企業收到全部股權轉讓款。隨后，A有限合伙企業辦理簡易注銷。

2023年7月，稅局向A有限合伙企業下達《稅務處理決定書》，載明A有限合伙企業轉讓股權所產生的經營所得應按比例分配后，由個人所得稅納稅義務人甲、乙申報繳納。因A有限合伙企業已于2021年4月注銷，依照規定，合伙人甲、乙應當在停止生產經營之日起60日內，向主管稅務機關辦理當期個人所得稅匯算清繳。故就A有限合伙企業轉讓股權取得經營所得，按合伙協議約定分配比例向合伙人分配后，甲、乙應依法補繳個人所得稅及相應滯納金。

（二）案例簡析

本案是一起典型的利用合伙企業核定征收政策進行稅收籌劃的案例。自然人甲、乙先將股權低價轉讓至A有限合伙企業，再由A有限合伙企業轉讓至C有限責任公司，其中，A有限合伙企業利用核定征收政策降低經營所得實際稅負。本案未披露具體的核定征收率，過往實踐中存在10%應稅所得率的情況，相較于自然人股東直接進行股權轉讓，稅負大大降低。在《關于權益性投資經營所得個人所得稅征收管理的公告》（財政部?稅務總局公告2021年第41號，以下簡稱“41號文”）出臺后，權益性投資合伙企業一律適用查賬征收方式計征個人所得稅。41號文自2022年1月1日起施行，前述案例中的核定征收發生于41號文生效之前，稅務機關仍進行追溯調整，要求自然人合伙人補繳個人所得稅。對于41號文之前的合伙企業適用核定征收的行為，稅務機關是否有權追溯調整？下文將進一步解析。

41號文：權益性投資合伙企業一律適用查賬征收方式計征個稅

（一）合伙企業核定征收政策是企業股權架構安排的重要稅收考慮因素

自然人合伙人通過合伙企業間接持有公司的股份是一種常見的股權架構安排。一方面，考慮到控制直接股東人數、保障創始人控制權等問題，企業在實施股權激勵計劃時會考慮以有限合伙企業的方式搭建員工持股平臺，被激勵的員工通過獲取合伙企業份額的方式間接持有公司股權。另一方面，為吸引股權投資類企業落地，部分地方政府或園區將核定征收作為一項“稅收優惠政策”，相較于自然人合伙人直接轉讓股權，核定征收方式下自然人合伙人通過合伙企業轉讓股權更具稅收優勢。

（二）核定征收政策能夠緩解合伙份額轉讓重復征稅問題

合伙份額轉讓所帶來的重復征稅問題在實踐中一直被詬病，而核定征收能夠在一定程度上緩解重復征稅帶來的高稅負問題。本文以一則小案例說明合伙份額轉讓中的重復征稅問題。

自然人甲和乙分別出資100萬元設立了A合伙企業，主要從事股權投資業務。A合伙企業通過轉讓股權取得32萬元的利潤，約定按出資比例分配利潤，但沒有實際分配，而是用于再投資。則甲的納稅義務如下：

（1）在取得利潤當期，根據《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅〔2000〕91號）規定，合伙企業股權轉讓所得應作為投資者個人的生產經營所得申報繳納個人所得稅。即合伙企業轉讓所持的股權，自然人合伙人應當按經營所得五級超額累進稅率繳納個人所得稅。則甲應當申報繳納個人所得稅：應納稅額=（320,000/2-60,000）*20%-10,500=9,500元

（2）其后，甲向丙轉讓其持有的全部合伙份額，按照《個人所得稅法實施條例》的規定，自然人合伙人轉讓合伙份額應按照財產轉讓所得繳納個人所得稅。假設轉讓價格為150萬元，則甲應當繳納個人所得稅：應納稅額=（1,500,000-1,000,000）*20%=100,000元

通過上述計算可以發現，對于甲按約定應當分配的利潤16萬元，作為經營所得繳納了9,500元的個人所得稅，同時這部分利潤增加了合伙份額的價值，在合伙份額轉讓時，又作為財產轉讓所得又繳納了3.2萬元的個人所得稅，存在重復征稅的問題。

核定征收能夠在一定程度上降低合伙份額轉讓重復征稅問題所帶來的高稅負，但無法從根本上解決問題。此外，《稅收征收管理法》第三十五條也明確了稅務機關有權核定應納稅額的情形，包括依規定可以不設置帳簿、應當設置帳簿但未設置、擅自銷毀帳簿或者拒不提供納稅資料、雖設置帳簿，但帳目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查帳等情形。41號文規定，“持有股權、股票、合伙企業財產份額等權益性投資的個人獨資企業、合伙企業，一律適用查賬征收方式計征個人所得稅”，明確禁止了權益性投資合伙企業采用核定征收的征管方式。在該政策實施之后，權益性投資合伙企業股權轉讓所得稅率最高可達35%，相較于個人直接持股喪失稅收優勢。

權益性投資合伙企業核定改查賬，能否追溯調整以前年度？

前已述及，部分園區將核定征收作為一項“稅收優惠”吸引股權投資合伙企業在當地落戶。近年來各地清理稅收洼地、打擊逃避稅的監管力度不斷加強，41號文的出臺明確禁止了權益性投資合伙企業核定征收的征管方式。對于在41號文出臺前適用核定征收的合伙企業，稅務機關是否有權追溯調整，要求自然人合伙人補繳個人所得稅？

（一）未提供虛假資料騙取核定政策的，不構成偷稅，應受追征期限制

《稅收征收管理法》第六十三條規定，偷稅是指納稅人存在偽造、變造、隱匿、擅自銷毀帳簿、記帳憑證，或者在帳簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的行為。對于偷稅的行為，稅務機關可以無限期追征稅款。對于未提供虛假資料騙取核定征收政策的，不應構成偷稅，稅務機關的追征行為應受追征期限制。

《稅收征收管理法》明確規定了適用核定征收的情形，不論是園區給予的核定征收政策，或是企業根據自身賬簿設置等情況申請核定征收，稅務機關都應當實質審核是否符合核定征收要求。稅務機關未盡審核義務造成的未繳或少繳稅款，屬于稅務機關的過錯，應當適用三年的追征期。

（二）稅務機關推翻納稅人以前年度的核定征收有違信賴利益保護原則

查賬征稅為稅收征管的一般方式，核定征收為特殊的方式，能否適用核定征收需經稅務機關審核批準。稅務機關的具體行政行為一經作出，即具有公定力、存續力、拘束力以及執行力。依據信賴利益保護原則，行政相對人基于對行政機關的信賴而取得利益應受保護，不能被隨意剝奪。行政機關對自己的行為或承諾應誠實守信，不得隨意變更。納稅人基于申請，在無偽造資料、騙取核定征收政策的情況下，稅務機關不應追溯調整41號文頒布前已適用核定征收的賬務處理。

另一方面，納稅人在適用地方性或園區財稅政策前，除了比較稅負上的優劣外，還應綜合考量此類財稅優惠政策的設定依據是否符合規定、是否與政府簽署正式投資協議、過往政策是否穩定等。在任冬梅與湖北省襄陽市人民政府行政允諾爭議一案中，襄陽市人民政府在會議紀要中承諾“在當地減持限售股并繳納稅款，個人投資者的獎勵標準為按實際繳納個人所得稅的39.5%給予獎勵”，最高法審理認為，襄陽市政府允諾的獎勵事實上變相減少了納稅人的應納稅款，減輕了納稅人的納稅義務，違背了《關于個人轉讓上市公司限售股所得征收個人所得稅有關問題的通知》（財稅〔2009〕167號）規定的稅率及征稅目的。襄陽市政府作出的行政允諾違反了《稅收征收管理法》第三條第二款關于“任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定”的規定，超出了自身法定權限范圍，二審法院認定該行為不合法，并無不當。因此，納稅人在適用地方性財稅政策之前，應當充分審查該政策是否與上位法相抵觸，是否具有可行性，降低后續被調整補稅的風險。